MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Rickettsia typhi str. B9991CWPP chromosome

Total Repeats: 22274

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017062	ATT	2	6	13	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383842825
2	NC_017062	GCA	2	6	58	63	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383842825
3	NC_017062	TAT	2	6	182	187	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383842825
4	NC_017062	ATT	2	6	274	279	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383842825
5	NC_017062	T	6	6	293	298	0 %	100 %	0 %	0 %	383842825
6	NC_017062	ATTATA	2	12	326	337	50 %	50 %	0 %	0 %	383842825
7	NC_017062	ATG	3	9	392	400	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383842825
8	NC_017062	ATA	2	6	433	438	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383842825
9	NC_017062	TAG	3	9	572	580	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383842825
10	NC_017062	TTA	2	6	587	592	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383842825
11	NC_017062	AG	3	6	685	690	50 %	0 %	50 %	0 %	383842825
12	NC_017062	CAG	2	6	767	772	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383842825
13	NC_017062	TAA	2	6	776	781	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383842825
14	NC_017062	AT	3	6	787	792	50 %	50 %	0 %	0 %	383842825
15	NC_017062	A	6	6	801	806	100 %	0 %	0 %	0 %	383842825
16	NC_017062	ATAA	2	8	815	822	75 %	25 %	0 %	0 %	383842825
17	NC_017062	TAACG	2	10	992	1001	40 %	20 %	20 %	20 %	383842826
18	NC_017062	GTG	2	6	1067	1072	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	383842826
19	NC_017062	ATA	2	6	1098	1103	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383842826
20	NC_017062	AAAGTA	2	12	1131	1142	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383842826
21	NC_017062	TGA	2	6	1157	1162	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383842826
22	NC_017062	TGT	2	6	1213	1218	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383842826
23	NC_017062	CAA	2	6	1257	1262	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383842826
24	NC_017062	A	8	8	1261	1268	100 %	0 %	0 %	0 %	383842826
25	NC_017062	TAA	2	6	1286	1291	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383842826
26	NC_017062	T	9	9	1404	1412	0 %	100 %	0 %	0 %	383842827
27	NC_017062	A	6	6	1414	1419	100 %	0 %	0 %	0 %	383842827
28	NC_017062	CAA	2	6	1436	1441	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383842827
29	NC_017062	A	6	6	1484	1489	100 %	0 %	0 %	0 %	383842827
30	NC_017062	AT	3	6	1549	1554	50 %	50 %	0 %	0 %	383842827
31	NC_017062	TGC	2	6	1593	1598	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383842827
32	NC_017062	ACAG	2	8	1632	1639	50 %	0 %	25 %	25 %	383842827
33	NC_017062	ATGCTA	2	12	1657	1668	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383842827
34	NC_017062	TA	3	6	1667	1672	50 %	50 %	0 %	0 %	383842827
35	NC_017062	ATA	3	9	1670	1678	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383842827
36	NC_017062	A	7	7	1696	1702	100 %	0 %	0 %	0 %	383842827
37	NC_017062	TGA	2	6	1836	1841	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383842827
38	NC_017062	GCA	2	6	1849	1854	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383842827
39	NC_017062	TTAAT	2	10	1883	1892	40 %	60 %	0 %	0 %	383842827
40	NC_017062	GAA	2	6	1893	1898	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383842827
41	NC_017062	AAT	2	6	1923	1928	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383842827
42	NC_017062	AAG	2	6	1940	1945	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383842827
43	NC_017062	TTA	2	6	1978	1983	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383842827
44	NC_017062	ACA	2	6	2040	2045	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383842827
45	NC_017062	T	8	8	2078	2085	0 %	100 %	0 %	0 %	383842828
46	NC_017062	A	6	6	2088	2093	100 %	0 %	0 %	0 %	383842828
47	NC_017062	ATT	2	6	2111	2116	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383842828
48	NC_017062	T	6	6	2153	2158	0 %	100 %	0 %	0 %	383842828
49	NC_017062	T	7	7	2213	2219	0 %	100 %	0 %	0 %	383842828
50	NC_017062	T	6	6	2222	2227	0 %	100 %	0 %	0 %	383842828
51	NC_017062	TAG	2	6	2263	2268	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383842828
52	NC_017062	AGTA	2	8	2294	2301	50 %	25 %	25 %	0 %	383842828
53	NC_017062	ATA	2	6	2343	2348	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383842828
54	NC_017062	A	7	7	2348	2354	100 %	0 %	0 %	0 %	383842828
55	NC_017062	T	7	7	2372	2378	0 %	100 %	0 %	0 %	383842828
56	NC_017062	TA	3	6	2404	2409	50 %	50 %	0 %	0 %	383842828
57	NC_017062	TTTTA	2	10	2444	2453	20 %	80 %	0 %	0 %	383842828
58	NC_017062	ATA	2	6	2481	2486	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383842828
59	NC_017062	TTAT	2	8	2605	2612	25 %	75 %	0 %	0 %	383842828
60	NC_017062	TAAT	2	8	2719	2726	50 %	50 %	0 %	0 %	383842828
61	NC_017062	ATG	2	6	2742	2747	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383842828
62	NC_017062	TAA	2	6	2749	2754	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383842828
63	NC_017062	TTA	2	6	2776	2781	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383842828
64	NC_017062	ATTTA	2	10	2797	2806	40 %	60 %	0 %	0 %	383842828
65	NC_017062	TTAT	2	8	2827	2834	25 %	75 %	0 %	0 %	383842828
66	NC_017062	A	6	6	2891	2896	100 %	0 %	0 %	0 %	383842829
67	NC_017062	ATT	2	6	2984	2989	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383842829
68	NC_017062	ATT	2	6	2997	3002	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383842829
69	NC_017062	T	6	6	3040	3045	0 %	100 %	0 %	0 %	383842829
70	NC_017062	AAG	2	6	3069	3074	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383842829
71	NC_017062	A	7	7	3154	3160	100 %	0 %	0 %	0 %	383842829
72	NC_017062	GCAAA	2	10	3254	3263	60 %	0 %	20 %	20 %	383842829
73	NC_017062	GAA	2	6	3284	3289	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383842829
74	NC_017062	TC	3	6	3294	3299	0 %	50 %	0 %	50 %	383842829
75	NC_017062	AGC	2	6	3313	3318	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383842829
76	NC_017062	GTT	2	6	3345	3350	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383842829
77	NC_017062	TCA	2	6	3362	3367	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383842829
78	NC_017062	CAA	2	6	3413	3418	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383842829
79	NC_017062	GAT	2	6	3443	3448	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383842829
80	NC_017062	A	7	7	3449	3455	100 %	0 %	0 %	0 %	383842829
81	NC_017062	A	7	7	3468	3474	100 %	0 %	0 %	0 %	383842829
82	NC_017062	GA	3	6	3476	3481	50 %	0 %	50 %	0 %	383842829
83	NC_017062	T	6	6	3505	3510	0 %	100 %	0 %	0 %	383842829
84	NC_017062	ATT	2	6	3540	3545	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383842829
85	NC_017062	TATT	2	8	3547	3554	25 %	75 %	0 %	0 %	383842829
86	NC_017062	AGGATA	2	12	3564	3575	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383842829
87	NC_017062	A	6	6	3693	3698	100 %	0 %	0 %	0 %	383842829
88	NC_017062	AGC	2	6	3739	3744	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383842829
89	NC_017062	TAT	2	6	3751	3756	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383842829
90	NC_017062	GCA	2	6	3779	3784	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383842829
91	NC_017062	A	7	7	3831	3837	100 %	0 %	0 %	0 %	383842829
92	NC_017062	AGA	2	6	3880	3885	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383842829
93	NC_017062	AT	4	8	3914	3921	50 %	50 %	0 %	0 %	383842829
94	NC_017062	CTT	2	6	3923	3928	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383842829
95	NC_017062	TAT	2	6	4031	4036	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383842829
96	NC_017062	AGAA	2	8	4150	4157	75 %	0 %	25 %	0 %	383842829
97	NC_017062	AT	3	6	4224	4229	50 %	50 %	0 %	0 %	383842829
98	NC_017062	GA	3	6	4244	4249	50 %	0 %	50 %	0 %	383842829
99	NC_017062	AAT	3	9	4250	4258	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383842829
100	NC_017062	ATG	2	6	4269	4274	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383842829
101	NC_017062	TGA	2	6	4422	4427	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383842829
102	NC_017062	CTAATA	2	12	4461	4472	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383842829
103	NC_017062	ATA	2	6	4496	4501	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383842829
104	NC_017062	GGT	3	9	4502	4510	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	383842829
105	NC_017062	CTT	2	6	4515	4520	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383842829
106	NC_017062	GCA	2	6	4526	4531	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383842829
107	NC_017062	AGA	2	6	4564	4569	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383842829
108	NC_017062	TA	3	6	4583	4588	50 %	50 %	0 %	0 %	383842829
109	NC_017062	AGA	3	9	4603	4611	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383842829
110	NC_017062	GAA	2	6	4625	4630	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383842829
111	NC_017062	GTT	2	6	4648	4653	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383842829
112	NC_017062	AAG	2	6	4656	4661	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383842829
113	NC_017062	GAA	2	6	4673	4678	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383842829
114	NC_017062	A	6	6	4681	4686	100 %	0 %	0 %	0 %	383842829
115	NC_017062	TAA	2	6	4693	4698	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383842829
116	NC_017062	TAT	2	6	4718	4723	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383842829
117	NC_017062	TAAAT	2	10	4753	4762	60 %	40 %	0 %	0 %	383842829
118	NC_017062	AT	3	6	4775	4780	50 %	50 %	0 %	0 %	383842829
119	NC_017062	ATA	2	6	5001	5006	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383842829
120	NC_017062	GAT	3	9	5015	5023	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383842829
121	NC_017062	GTAGT	2	10	5064	5073	20 %	40 %	40 %	0 %	383842829
122	NC_017062	AAG	2	6	5094	5099	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383842829
123	NC_017062	AAT	2	6	5129	5134	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383842829
124	NC_017062	ATT	2	6	5181	5186	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383842829
125	NC_017062	TAA	2	6	5203	5208	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383842829
126	NC_017062	AATA	2	8	5209	5216	75 %	25 %	0 %	0 %	383842829
127	NC_017062	TCAC	2	8	5248	5255	25 %	25 %	0 %	50 %	383842829
128	NC_017062	TGC	2	6	5260	5265	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383842829
129	NC_017062	T	6	6	5288	5293	0 %	100 %	0 %	0 %	383842829
130	NC_017062	ATT	2	6	5304	5309	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383842829
131	NC_017062	TCGATA	2	12	5355	5366	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383842829
132	NC_017062	CTA	2	6	5412	5417	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383842829
133	NC_017062	AGT	2	6	5449	5454	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383842829
134	NC_017062	CAC	2	6	5475	5480	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383842829
135	NC_017062	A	7	7	5498	5504	100 %	0 %	0 %	0 %	383842829
136	NC_017062	ATT	3	9	5507	5515	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383842829
137	NC_017062	TTA	2	6	5540	5545	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383842829
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